在单纯经济利益的驱动下，人们片面地追求养殖产量，却忽视了养殖水域的生态平衡和环境保护，致使我国水产养殖的生态环境多年来一直满负荷甚至超负荷运转，由此造成了水产资源的迅速递减和环境质量的持续恶化。

我国的淡水鱼类有800余种，濒危鱼类目前近百种。海水鱼类资源的状况同样堪忧，养殖水域的环境质量也不容乐观。由于沿海工业农业产生的污水、废渣排入近海，污染了大片大片的海滩和海湾，从而造成了我国南起广州湾，北至渤海湾的广大海域赤潮频频发生，连年不断。

自20世纪80年代以来，我国海域共发生赤潮300余次，其1989年渤海湾的赤潮就持续了72天，经济损失4亿多元。这种由片面追求经济增长而导致水产资源锐减和水域环境污染，反过来又限制了当地经济的增长，严重地制约了我国水产养殖业的可持续发展。

水产养殖污染需要控制，要注意以下几点：

因为大多数水产养殖废物主要来自饵料，要降低由此而产生的废物应注意饵料营养成分和投喂方式。

水处理装置的使用，可以减少废物排放量也可以通过净化排水来达到。

利用混养生物间的代谢互补性来消耗其有害的代谢产物，减少养殖生物对养殖水域的自身污染，对于保护水域生态环境是有益的。