一要尽早使用，通过先入菌的大量繁殖，形成优势种群，这样可以减少或阻碍病原菌的定居；

二要长期使用，微生物制剂的预防效果好于治疗效果，其作用发挥较慢，故应长期使用方能达到预期的效果。

有些微生物制剂可全池泼洒，有的可作为饲料添加剂，有的可与其他物质混合使用，要选择好的投放时间。

如光合细菌最好和沸石粉混合使用，不仅能将光合细菌迅速沉降到底部，还能起到吸附氨的作用；

而硝化细菌和沸石粉混合使用，硝化细菌能快速沉到水底，换水时不易被排走。

芽孢杆菌是好气菌，当养殖水体中溶解氧高时，繁殖速度加快，因此泼洒的同时要尽量开动增氧机或在有风的天气时使用。

光合细菌在水质较肥时施用，可促进细菌及有机物的转化，避免有害物质积累。

而酵母菌是一种单细胞真菌，在有氧和无氧环境下都能生存，为兼性厌氧型微生物，含有较高的营养成分，富含维生素和氨基酸，在水体中能够分解有机物质，主要用于饲料添加剂，也可用作水质调节剂。

如光合细菌作为活菌，药物对它有杀灭作用，水体使用消毒剂5天后才可使用，使用抗生素2天后才能使用。

硝化细菌不可与化学增氧剂合用，如过氧化钙等，这些物质在水中分解出氧化性较强的氧原子，会杀死硝化细菌，所以间隔2天后使用。

微生物制剂必须含有一定量的活菌，一般要求每毫升含3亿个以上的活菌体，且活力要强。

同时注意制剂的保存期，大量实验证明，随着制剂保存期的延长，活菌数量逐渐减少，即意味着其作用越来越小，故保存期不宜过长。还要注意一些不利因素的影响，如温度、pH等，且打开包装后尽快使用。

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