微生物制剂按类型可分为单一微生物制剂和复合微生物制剂；从微生物角度分为光合细菌、芽孢杆菌、EM 菌、硝化细菌、乳酸菌和酵母菌等单一菌种。 光合细菌是一种在光合作用下产生的一切原核生物。光合细菌可以快速地改变水质，把水质中的有害物质消除掉，如氨氮和有机酸等有害物质都可以通过光合菌去除掉，且在保障水质的同时，对水质中酸碱度也有一定的调控能力。但是，光合细菌在改变水质的同时也存在不足，不能充分利用水质中的残留物和有机物，造成一些营养物流失。

        酵母菌，是一种比较有营养的菌类，这种菌的营养价值居高，其维生素和氨基酸的含量也是比较高，水产品大多都是靠这种菌来维持体能的，人们通常把这种菌添加到饵料中。酵母菌除了具有营养价值外，还可以调节水质物质，促进有机物的利用率。同时，乳酸菌是一种耐酸性比较高的菌类，即使在高酸情况下也能够完好地生存，它可以促进水产品对食物的消化，其优点是可以遏制大肠杆菌和沙门氏菌的生长，可以排除体内的有害菌类毒素，保障水产品的健康生长。

硝化菌，是利用二氧化碳和亚硝酸盐为主要生存源的一种好气性细菌，它主要优点是通过细菌来调控养殖产品体内的氨氮的含量，并使其能够达到最低值。我们通常把它们分为两类：硝化细菌和亚硝化细菌。

        EM 菌，是一种通过发酵来调控有效微生物群的比例，再将其分解，把有益的微生物菌分解出来，使有益菌能够共同生存形成一种集体式的复合微生物群种。 

        芽孢杆菌，是通过利用硝酸盐和亚硝酸盐分解有机物并且分泌出多种酶种和抗生素，从而促进分子有机物的分解，将大分子有机物逐步分解为小分子有机物以加强水产品对分子的吸收，进而加速水产品体内中硫化氢和氨氮的分解。