蛋白质是鱼类生长和维持生命活动必需的营养素，不但是构成鱼体各组织的重要组成成份，而且还与酶和激素的组成和生理机能密切相关。

鱼类从食物中摄取蛋白质，在消化道中水解成氨基酸，鱼类吸收氨基酸用于合成鱼体蛋白质或分解产生热能，所以蛋白质不但是鱼类合成蛋白质过程中的氨基酸供给源，而且还是能量来源。

如果饲料中的蛋白质含量超过需要量，鱼体蛋白质的积蓄量几乎不变，体重增加并不与饲料中蛋白质含量成正比。这不但造成了蛋白质的浪费。其蛋白质的代谢产物还污染水质。鱼类有优先利用氨基酸提供能量的能力，其氨基酸的代谢产物主要以氨的形式排泄到水中，过量的蛋白质增加了氨的排泄量。据测定在高密度养殖的情况下，1公斤鲤鱼一天排泄氨氮1500毫克、1公斤罗氏沼虾一天排泄氨氮2100毫克；1公斤甲壳类每天排出的代谢废物氨为1000毫克；水中氨的积累败坏了水质，直接影响了池塘的生产力。

饲料中的可消化的碳水化合物不但可以提供热量，而且还参与机体的许多代谢活动，并作为合成非必需氨基酸和核酸的前体而被鱼类利用。饲料中不能消化的纤维素可改善饲料的适口性和延长食物通过消化道的时间，促进肠道吸收。饲料中含有适量的碳水化合物可提高蛋白质的利用率。

在我国的鱼用配合饲料中植物蛋白的用量较大，故碳水化合物含量过多的情况比较多见。饲料中碳水化合物含量过高，会引起鱼类糖代谢紊乱，造成内脏的脂肪积累，其病变主要部位是肝脏，大量的肝糖积累和脂肪浸润，造成肝肿大，色泽变淡，外表有光泽，严重的脂肪肝还可引发肝病变，使肝脏失去正常机能，机体衰竭，最后导致死亡。
一般在高碳水化合物饲料中，增加胆碱、肌醇和维生素C的用量，可控制脂肪肝的发展。

饲料中所含的脂肪不能被鱼类直接利用，必须在脂肪酶的作用下分解为甘油和脂肪酸后，才能被鱼类吸收。脂肪主要生理作用是为鱼类生命活动提供能源，同时为鱼类提供必需脂肪酸（EFA）。鱼类能充分利用脂肪，不能很好地利用碳水化合物，鱼类常常利用消耗蛋白质的方式补充能源，因此在饲料中添加适量的（低融点）脂肪，提高饲料可消化能的含量，减少鱼类蛋白质的能量消耗，可达到节约蛋白质的效果。

鱼饲料中应添加低融点脂肪，温血动物的硬化脂不能使用。因这类脂肪的融点高，不易消化，如长期使用这种脂肪，会引发脂肪肝。脂肪是十分容易氧化的物质，氧化变质的脂肪产生的醛、酮、酸对鱼有毒，鲤鱼摄食变质脂肪饲料，一个月后即可患瘦背病，虹鳟则引起贫血和肝病变。所以应引起足够的注意。通常在饲料中添加足量的维生素E可以防止氧化脂肪对鱼类的毒素。