光合细菌对水产养殖的作用主要在于其能改善和稳定养殖环境，其高营养的菌株能作为饵料和饵料添加剂，以及预防疾病等三方面。从而能有效促进养殖动物生长，提高成活率。不同种类的光合细菌有着不同的生态生理特性，因此在水产养殖中须根据使用目的，环境，品种等不同条件来选择合适的光合细菌菌株。

      一，改善和稳定养殖环境

         宜选用着色菌科和红螺菌科的复合菌株。着色菌科的光合细菌主要以硫化氢、硫代硫酸盐等作为供氢体及电子受体，且是专性厌氧菌，应用于养殖可增强对底泥中硫化物的降解。红螺菌科的光合细菌能利用有机物进行光能异养，无论在光照无氧或黑暗有氧无氧的环境条件下都能利用多种有机物。

        在自然水域中，光合细菌是物质循环的重要环节之一，它能把水中的残余有机物经异养分解后产生有机酸，硫化物及氨等作为营养基质合成菌体而增殖，既参与水质净化又可被其他动物捕食。在高密度的养殖条件下，养殖环境不可避免的受到排泄物，残饵等有机物的污染，以往采用的换水或循环过滤的方式，并不是所有养殖都能适用。同时之这些方法还难以保持水中最适微生物的群落，使养殖环境缺乏相对的稳定性，在低温季节也不能保持最适水温（如大棚养殖）。特别是近年来为防止对虾爆发性疾病的发生必须保持环境的相对稳定，不宜再采用大排大灌的换水方式。若在养殖池塘中投入适量的光合细菌，其脱氮作用就可以随时把从池塘底部产生的氮和有机物分解除去，不换水或少换水就能基本保持养殖池的良好环境。此外，光合细菌的加入，促进了养殖池塘的物质循环，提高了能量的转化率，增加和改变了池中浮游植树、浮游动物的生物量，并使为鱼虾类食用的饵料数量显著增加，从而稳定了养殖环境。

    二，作为饵料及饵料添加剂

        宜选用红螺菌的复合菌。光合细菌菌体含蛋白质60%以上，每克干燥菌体相当于5千卡热量，作为蛋白质含有鱼虾所必须的全部氨基酸，同时光合细菌含有丰富的维生素，特别是B族维生素几乎都有。还含有较高含量的对动物生长发育具有促进作用的生理活性物质--辅酶Q等。是一种营养价值高且营养成分比较全面的细菌，可作为鱼、虾、贝类养殖中良好的饵料添加剂。同时，光合细菌绝大多数种类为0.5--4微米大小，仅相当于小球藻的二十分之一，因此，是幼体最适合的开口饵料，同时也是培养浮游动物如水蚤、轮虫、卤虫的良好饵料。

    三，防治疾病，提高成活率

        光合细菌对水产动物疾病的防治作用主要在于：一是有效改善了养殖池的微生态环境，对鱼虾无害的光合细菌投入养殖池后，占优势的光合细菌抑制并替代了病原菌，从而减少或阻止了病原体的感染；二是光合细菌有效地改善了养殖环境，尤其净化了水质，减少了病害的发生机会；三是，如荚膜红假单孢菌细胞壁中所含有的多糖为光谱的非特异性免疫激活剂，营养丰富的光合细菌增加了鱼虾体质和抗病力，减少了疾病的发生，从而提高了成活率，起到了防治疾病的作用。